平阳县疾病预防控制中心是承担政府疾病预防控制职能的公共卫生全额事业单位。担负着全县疾病预防与控制、应急预警与处置、疫情收集与报告、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务、检测检验与评价等工作任务。负责全县传染病流行、食物中毒和污染等公共卫生突发事件调查处置，以及救灾防病等重大问题的流行病学调查、现场处置和实验室检测工作。

平阳县疾控中心设有2个职能科室7个业务科室，即中心办公室、质量管理科、卫生监测科、疾病控制科、结核病防治科、微生物检验科、理化检验科、健康教育科、预防医学门诊部。中心现有在编人员56人，专业技术人员54人，其中具有中级以上职称20人，大专以上学历40人。

几年来，县疾控中心在各级党委、政府和卫生行政部门的关心支持下，各项工作取得显著成绩。中心是省级文明单位、平阳县模范集体。中心的宗旨是：贯彻预防为主方针，加强疾病预防控制体系建设，提高疾病预防控制和突发公共卫生事件应急处置能力，保障人民身体健康和生命安全，促进社会稳定和经济发展。